V niektorých prípadoch je neinvazívne vyšetrenie nevhodné pre vysoké riziko, že výsledok nebude získaný alebo ho nebude možné správne posúdiť. Pokiaľ je v takých prípadoch indikované genetické vyšetrenie plodu, sú na mieste metódy invazívnej diagnostiky - odber choriových klkov (CVS) či amniocentéza (AMC).